Sau 12 năm thực hiện Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - Đáy, chất lượng nước hai con sông có xu hướng giảm gia tăng ô nhiễm, tuy nhiên vẫn chưa được cải thiện nhiều.
Theo Bộ trưởng TN-MT Trần Hồng Hà, để khắc phục tình trạng ô nhiễm các dòng sông, quan trọng nhất là kiểm soát các nguồn thải, đặc biệt là các làng nghề và nước thải sinh hoạt. Chắc 60-90% nước thải sinh hoạt vẫn chưa được xử lý.