Dù đạt được những thành tựu đáng kể trong 65 năm hoạt động, nhưng những thách thức phía trước đối với MRC là không hề nhỏ, đó là việc các quốc gia như Trung Quốc, Lào và Campuchia tiếp tục có kế hoạch phát triển các dự án thủy điện trên dòng chính sông.